Stabilność instrumentu: Po włączeniu spektrometru podczerwieni stabilizacja zajmuje pewną ilość czasu. Ogólnie zaleca się odczekać 15 minut po włączeniu, aby osiągnąć maksymalną energię, zanim będzie można przeprowadzić test. Aby przedłużyć żywotność instrumentu, najlepiej odłączyć całe zasilanie, gdy nie jest używane, aby zapobiec uszkodzeniu instrumentu na skutek długiego włączania.
Wymagania środowiskowe: Spektrometry podczerwieni mają stosunkowo wysokie wymagania środowiskowe. W środowiskach o dużej wilgotności instrument może działać nieprawidłowo. Dlatego temperatura w laboratorium powinna być utrzymywana w przedziale od 18 do 28 stopni Celsjusza, a wilgotność poniżej 50%, aby laboratorium było suche. W przypadku pory deszczowej najlepiej włączać osuszacz codziennie. Ponadto laboratorium powinno być utrzymywane w czystości, ciche, wolne od żrących gazów i silnych źródeł wibracji oraz z dala od zakłóceń elektromagnetycznych, takich jak telefony komórkowe, wieże sygnalizacyjne oraz materiały łatwopalne i wybuchowe.
Postępowanie z próbkami: Podczas procesu testowania konieczne jest zminimalizowanie czasu i ilości ekspozycji próbek i odczynników czyszczących na powietrze. Po zakończeniu badania urządzenia wentylacyjne należy pozostawić włączone przez pewien czas, a próbki do badań i odczynniki czyszczące należy usunąć z pomieszczenia badawczego. Jeżeli badana próbka lub odczynnik czyszczący jest lotny i nieuchronnie wymaga użycia, należy podjąć następujące środki zapobiegawcze: niezależne badanie w pomieszczeniu, zainstalowanie urządzeń wyciągowych w celu kontroli źródła infiltracji, minimalizowanie czasu ekspozycji i dozowania odczynników i próbek podczas badania procesu testowania, utrzymywania włączonych urządzeń wydechowych przez pewien czas po zakończeniu testu oraz usuwania próbek i odczynników z pomieszczenia testowego.
Konserwacja sprzętu: Część sprzętowa spektrometru podczerwieni wymaga regularnej konserwacji. Na przykład po użyciu formy do tabletkowania należy natychmiast wytrzeć wszystkie części do czysta. W razie potrzeby oczyścić i osuszyć wodą i przechowywać w suszarce, aby zapobiec rdzewieniu.
Konserwacja oprogramowania: W przypadku spektrometrów podczerwieni podłączonych do komputerów należy również zwrócić uwagę na konserwację oprogramowania, np. regularne tworzenie kopii zapasowych danych i czyszczenie pamięci podręcznej.